Kyrkokonferensen är det årsmöte som utgör högsta beslutande organ i Equmeniakyrkan. Till kyrkokonferensen får varje församling sända ombud efter medlemstal. Det gör kyrkokonferensen till Sveriges största ombudsförsamling.
Konferensen fattar beslut om gemensamma projekt, till exempel beträffande samarbete med kyrkor både i Sverige och i andra länder, och verksamhetsplan och budget. Den väljer också personer till olika styrelser och befattningar i Equmeniakyrkans ledning.
Ombud
Varje församling (oavsett antal medlemmar) har rätt att skicka 2 ombud.
Har församlingen 100 medlemmar får man skicka 3 ombud.
För varje 100:e medlem får församlingen skicka ett ombud till.
200 medlemmar 4 ombud, 300 medlemmar 5 ombud och så vidare.